I – 3-4 czerwca 1948, Wrocław, Zjazd Limnologów Polskich
Na I Zjeździe Limnologów Polskich we Wrocławiu (1948) rozważano powołanie PT Limnologicznego. W sierpniu 1950 Prezydium Rady Narodowej Warszawy: „…na zasadzie podania z 1948 roku w przedmiocie zarejestrowania, mając na uwadze, ze na terenie Warszawy istnieją juz organizacje realizujące cele statutowe wymienionego Towarzystwa, założenia statutowe nie odpowiadają względom pożytku społecznego – pozostawić bez uwzględnienia” (tekst oryginalny).
II – styczeń 1953 Giżycko
III – 2-4 kwietnia 1955, Wrocław
Na III Zjeździe we Wrocławiu (1955) podjęto rezolucję o powołaniu PT Limnologicznego.
IV – 24-27 września 1958, Kraków – powołanie PTH, kwiecień 1960
Na IV Zjeździe w Krakowie (1959) uchwala o powołaniu PTH. 26 maja 1959 Komitet Hydrobiologii PAN zorganizował zebranie organizacyjne PTH. Wybrano władze i projekt statutu. W marcu 1960 Prezydium Rady Narodowej w Warszawie wpisało do rejestru stowarzyszeń PTH.
V – 14-17 września 1961, Gdańsk
VI – 7-11 września 1964, Olsztyn
VII – 20-23 września 1967, Świnoujście
VIII – 16-20 września 1970, Białystok
IX – 3-8 września 1973, Poznań
X – 6-11 września 1976, Toruń
XI – 5-8 września 1979, Łódź
XII – 20-23 września 1983, Lublin
XIII – 16-19 września 1986, Szczecin
XIV – 18-22 września 1989, Olsztyn
XV – 7-10 września 1992, Gdańsk
XVI – 5-8 września 1994, Wrocław
XVII – 8-11 września 1997, Poznań
XVIII – 4-8 września 2000, Białystok
XIX – 9-12 września 2003, Warszawa
XX – 5-8 września 2006, Toruń
XXI – 9-12 września 2009, Lublin
XXII 19-22 września 2012, Kraków
XXIII 8-12 września 2015, Koszalin
XXIV 4-7 września 2018, Wrocław
Jubileuszowy XXV Zjazd Hydrobiologów Polskich ,7-9 września 2022 w Łodzi.